기초과학 및 응용과학분야에 관한 연구를 통하여 학술 발전에 기여함을 목적으로, 1991년 5월 18일 기초과학연구소를 설립하였으며, 기존의 기초과학연구소, 생활과학연구소 및 스포츠과학연구소를 발전적으로 이어받아 1995년 3월 1일 학칙개정으로 개칭하여 자연과학연구소가 되었다.

연구소는 위의 설립목적을 달성하기 위하여 다음과 같은 사업을 하고 있다.

1) 조사 연구 및 자료의 수집
2) 연구발표회 및 강연회 개최
3) 연구결과의 발표 및 간행
4) 기타 필요한 사업

본 연구소의 연구분야는 기초과학과 응용과학의 두 연구분야로 구분된다. 본 연구소는 대학 특성화에 따른 학술연구비의 지원을 받아 연구를 꾸준히 연구하는 연구소로서 자연과학대학의 구심점을 이루고 있다.

본 연구소의 최근 수년간 정부의 기초과학육성정책과 사회의 응용과학의 필요에 따라 강력한 의지와 대학의 지원아래 연구를 진행하고 있다. 또한 점진적인 연구진의 확대개편과 증설되는 연구실 체제를 21세기 지역사회 봉사의 소임도 겸하고 있다.

연구소 산하에는 4개의 기초과학 및 응용과학 연구부를 두고 있다. 각 연구위원들은 전공 영역별 연구실을 두고 있다. 이러한 유기적 학제간 연계체계의 구축은 다양한 기초과학 및 응용과학에 대한 연구과제를 수행할 수 있는 토대를 마련하였다.
본 연구소는 연구소의 제도적인 확대·개편에 따른 교수급 연구인력의 확충 및 연구조교(RA)제도를 도입할 예정에 있으며, 연구지원시설의 대대적인 확충 및 연구지원 활동에 대한 대학자체의 재정적 지원에 힘입어 자연과학분야의 연구가 질적·양적으로 대폭 향상되고 있다.
앞으로 기초과학분야의 중요성과 응용과학 연구지원의 증대는 본 연구소의 연구수행 및 연구지원활동에 대한 보다 큰 역할을 요구하고 있다. 본 연구소는 연구수행업무와 부산지역의 자연과학연구소간 학문연구지원등의 역할을 수행함으로 본 대학과 더불어 국가발전과 대학의 이상실현에 공헌할 것이다.